Здесь, помимо углубленного изучения отдельных предметов, реализуют яркие интеллектуальные проекты, участвуют в грантовых конкурсах. Новые формы работы с детьми дают отличные результаты.
Школа № 39 входит в тройку лидеров — одно из лучших общеобразовательных учреждений Чебоксар гордится результатами своих учеников. Олимпиады по истории и мировой художественной культуре, математике и психологии — в 2018 году призерами городского этапа стали 18 школьников. Школа № 39 является открытой образовательной системой, в которой каждому старшекласснику дается возможность выбора нескольких профилей обучения. В качестве дополнительного образования реализуются программы естественно-научного, общекультурного, интеллектуального, художественно-эстетического, физкультурно-оздоровительного направлений: «Математическая смекалка», «Лидер — это Я», «Умники и умницы», «Служу отечеству пером» и др. Совместно с Дворцом детского творчества проводятся кружки «Судомоделирование», «Lets Go», «Щелкунчик». Тесный контакт налажен со спортивными школами города, с организацией православного прихода храма Святителя Николая Чудотворца.
Школьная жизнь не прекращается и с наступлением каникул. Так, в начале лета юные хоккеисты школы встречались с героем телесериала «Молодежка», будущие журналисты победили в игре «Угадай звуки Чувашии» и дали интервью Первому каналу, учащиеся 10-го класса провели пятидневные учебные военные сборы. Школа продолжает участие в республиканском проекте «Маршруты. На пути к неизведанному» в честь 550-летия столицы Чувашии. Держат высокую профессиональную планку и педагоги: в творческой копилке коллектива неоднократное участие и победы в конкурсах профессионального мастерства. Всероссийский конкурс педагогического мастерства к 130-летию Макаренко, Всероссийская олимпиада «Педагогический успех», международный конкурс «Педагог года-2018» и др. Специалисты школы совершенствуют свою квалификацию, проходят стажировки в рамках реализации программ допобразования, в стенах самой школы практикуются студенты ЧГУ им. И.Н. Ульянова, ЧГПУ им. И.Я. Яковлева. За последние 2 года многие педагоги школы № 39 награждены почетными грамотами и благодарственными письмами.